1296 war die Johanniskirche, eine kleine romanische Anlage mit Apsis (so bei Ausgrabungen 1920/21 festgestellt) wieder hergestellt. Obwohl es das Patrozinium nahelegen könnte, war die Johanniskirche keine Taufkirche; das Baptisterium wurde im Zuge der Domgrabungen der 1970er Jahre innerhalb des Domes als kleine Rundkirche nachgewiesen.
Anfang des 16. Jahrhunderts war die Johanniskirche so baufällig, dass sie ersetzt werden musste. 1520-27 entstand im Auftrag des Domkapitels die erhaltene spätgotische Kirche unter Einbeziehung von Resten des Vorgängerbaus als dreischiffige Hallenkirche und wurde 1524 durch den „Pfarrmeister“ (Architekt) Erhard Reich eingewölbt. Die Konsekration war 1531.
Nach der Säkularisation 1807/08 wurde der Sakralraum als Schranne, danach als Gewerbehalle genutzt. Um 1920 wurde die Empore entfernt.
Seit der Instandsetzung von 1978 dient die ehemalige Kirche der Stadt Eichstätt als „Haus des Gastes“. Hier finden Ausstellungen und Veranstaltungen statt. Außerhalb dieser Veranstaltungen ermöglicht eine große Glastüre den Blick ins Innere. (Wikipedia)
