Mutter Franziska ist seit 1962 Einwohnerin von Eichstätt. Sie war lange Jahre Volksschullehrerin und Konrektorin der Schule St. Walburg.
Am 16. Februar 1985 wurde sie von ihrem Konvent zur 59. Äbtissin des Klosters St. Walburg gewählt. Sie ist Nachfolgerin von Äbtissin Maria Anna Augustina Weihermüller. Die Äbtissinnenweihe fand am 1. Mai 1985 statt.
In den vergangenen fast drei Jahrzehnten als Äbtissin hat Mutter Franziska bei der Lösung vieler kommunaler Probleme stets Verständnis gezeigt und oftmals Grundstücke aus dem Grundbesitz des Klosters zur Verfügung gestellt.
Aber auch durch ihre stete Sorge um die Volks- bzw. Grundschule St. Walburg hat sich die Hochwürde Frau Äbtissin große Verdienste erworben. Hervorzuheben ist auch der Neubau und die personelle Ausstattung des Kindergartens St. Walburg. Auch diese Maßnahme ist dem Kloster St. Walburg und seiner Äbtissin zu verdanken.
Bereits am 28. November 1996 hat ihr der Stadtrat von Eichstätt für ihre Verdienste die Bürgermedaille verliehen.
Am 8. Januar 2014 erhielt die Hochwürdige Frau Äbtissin M. Franziska Kloos für ihr segensreiches Wirken den Titel "Ehrenbürgerin der Stadt Eichstätt".